Pymatgen:Elementモジュールの利用方法

この記事ではPymatgenのElementモジュールの利用方法について簡単に紹介します。

※この記事はPymatgenの使用法・実例をまとめたPymatgenの使い方の一部です。

以下の内容はどのPython環境でも動きますが、操作・デバッグのしやすいJupyter notebookがおすすめです。Anacondaをインストールした場合はデフォルトでついてくるので、プログラムから「Jupyter notebook」と探して起動しましょう。

起動するとブラウザが自動で開き、Jupyter notebookが起動します。

右上の「New」からPython3を選びましょう。

このような画面が出たはずです。Jupyter notebookではブロックごとにプログラムを実行するので、書きながらデバッグできます。

ブロック内にプログラムを書いたら、ctrl + Enterもしくは上にある「Run」を押して実行します。

elementモジュールの呼び出し

  1. import pymatgen as mgと入力し、mgとしてpymatgenの関数が利用できるようにします。
  2. si = mg.Element("Si")siという変数にElementオブジェクトが入りますElement("元素記号")でこのオブジェクトが生成できます。
  3. Elementオブジェクトには様々な操作が可能です。
    例えば原子量を取得したい場合、以下のようにsi.atomic_massを入力してみましょう。

mg.Element()で生成されたオブジェクト名をelとし、以下に代表的なプロパティ(オブジェクトが持つ属性値)の取得法を示します。

  • el.atomic_mass: 原子量
  • el.melting_point:融点
  • el.Z:原子番号
  • el.oxidation_states:報告されている酸化数
  • el.long_name:英名
  • el.atomic_radius:原子半径
  • el.electronic_structure:電子配置
  • el.ionic_radii:各配位数の時のイオン半径

その他のプロパティやクラスメソッド(Elementクラスで使える関数)は公式documentをご覧ください。

その他のPymatgenの使用法についてはPymatgenの使い方をご覧ください。

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