pymatgenでpotcarを設定する方法

参考サイト

pymatgen.io.vasp.inputs

実行環境

• windows10 home
• python3.6.5
• pymatgen: 2018.6.11

potcarフォルダをpymatgenに登録する

pymatgenは必要なPOTCARなどの外部ファイルデータをyaml形式としてそのパスを書き込み、それを読み込むことで取得する。
当然何もしなければ登録してくれないので、以下の手順で設定しなければいけない。

1. potcarの入っているフォルダを探す

2. potcarの名前を書きかえたものをコピーとして作成する。名前は以下のもののみ許されている(上記参考サイトの中盤より)
   
   例えば実際にpotcarを生成するときは

   import pymatgen.io.vasp.inputs as pgi
   potcar = pgi.Potcar(symbols=['Pb','Mn','O'], functional = 'PBE')
   

   とするが、この時にPBEと指定した場合pymatgenは”POT_GGA_PAW_PBE”というフォルダを探す。しかしこの名前になっていないことが多いので、

   potPAW_PBE
   

   を

   POT_GGA_PAW_PBE
   

   にリネームする。他のPOTCARフォルダに関しても同様。

3. pymatgenのインストール方法のPOTCAR Setupに書いてあるように以下のコードを実行する

   pmg config -p <EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY_PSP>
   

   ここでEXTRACTED_VASP_POTCARはPOTCARがあるフォルダで、MYPSPは適当に変換後のフォルダの場所を指定する。作ってなくても場所だけ指定すれば勝手に作ってくれる。

   私の例

   pmg config -p /VASP/POTCAR/POT_GGA_PAW_PBE /VASP/new_POTCAR
   

4. 3の実行後に

   pmg config --add PMG_VASP_PSP_DIR <MY_PSP>
   

   みたいなのをしろと言われるので、それをコピーして実行する。これでPOTCARの場所が記録された。

5. pymatgenのデフォルト関数はPBEになっている。これを変更したい場合は

   pmg config --add PMG_DEFAULT_FUNCTIONAL PBE_52
   

   のように登録する。

6. pymatgenをインポートし、以下を実行できれば成功

   import pymatgen.io.vasp.inputs as pgi
   potcar = pgi.Potcar(symbols=['Pb','Mn','O'])